Systeemziekten zijn ziekten aan het bewegingsapparaat die ontstaan doordat het eigen afweersysteem het lichaam aanvalt (auto-immuunziekte) en waarbij er ook verschijnselen in de organen kunnen optreden. Voorbeelden van deze ziekten zijn zijn Systemische Lupus Erythematodes (SLE), Ziekte van Sjögren en de Ziekte van Behçet.